עין מבוע הוא מעיין הנמצא בליבו של הערוץ המצוקי של נחל פרת, הידוע גם בשמו כואדי קלט.זהו המעיין המרכזי מבין שלושת המעיינות הנובעים בואדי. בשמו הערבי הוא נקרא עיין פוואר כלומר, המבעבע, ולא בכדי מאחר ומדובר במעיין פועם.
המעיין שהוא תופעה גיאולוגית, נובע מתוך חלל סלע גדול שהוא כמעין מערה שנוצרה בעקבות המסתם של סלעי גיר. פתח החלל בחלקו העליון הוא צינורי בצורתו, ולכן המים המחלחלים בקרקע ממלאים את החלל, וכאשר מפלס המים מגיע לפתח הם נשפכים החוצה. בשל לחץ המים הגבוה במערה, חלל האויר שבחוץ יונק אותם מעלה בהתאם לחוק הכלים השלובים, זאת עד להתרוקנותו של חלל המערה. לאחר ההתרוקנות המעיין מתייבש עד למילוי חוזר של המערה, וכן הלאה.
אולם מימיו הזורמים של עין מבוע ממלאים את חלקו התחתון של נחל פרת בכל ימות השנה. המעיין עצמו בנוי משתי בריכות, האחת עגולה ועמוקה מאוד, ואותה מקיפה בריכה מרובעת ורדודה יותר. קיומן של בריכות אלו הוא בשל העובדה כי במקום הוקמה בימי הבריטים תחנת שאיבה, על מנת להזרים את מי הנחל לירושלים. כיום המשאבה של תחנת השאיבה אינה עובדת, אולם במרכז הבריכה נותר מבנה עגול שהמים נובעים לתוכו חליפות ומתרוקנים. בעת נביעתם ממלאים המים את הבריכה הריבועית שנבנתה סביב המעיין. "מחזור הפעימה" של המעיין, והצפייה בו הם מחזה מרתק. תהליך המילוי והריקון של הבריכה עשוי להמשך דקות ספורות עד שעות ארוכות. גם המחזוריות אינה קבועה ומשתנה בהתאם לעונות השנה וכמות המים הנובעים במעיין. בתוך הבריכה המקיפה את המעיין חיים דגים מסוגים שונים וסרטנים שאינם מסוכנים, ומאפשרים לשחות בו ללא חשש. טמפרטורת המים במעיין היא 21 מעלות ונשארת קבועה לאורך כל ימות השנה.
מאחת הפינות של הבריכה המרובעת ניתן להיכנס אל חדרון קטן וחשוך, המוביל אל אמת מים קדומה. אמה זו הובילה את מי המעיין עד לארמונות החשמונאים ביריחו. כמו כן ניתן לראות את ראשיתה של אמה המובילה מים ליריחו גם בימינו. האמה הזו מתחילה בעין מבוע וממשיכה לואדי קלט ובקעת יריחו. החל משנת 1919 נבנתה האמה על ידי משפחת אל-חוסייני, ועל פי הסכמים עוד מימי המנדט המים באמה שייכים למשפחה זו.
במסגרת עבודות לפיתוח המקום נתגלו רצפות פסיפס ליד המעיין. תחילה הם הוסתרו, ולאחר מכן הוחלט להציגם לקהל הרחב כך שהן שומרו. מדובר בשרידיה של כנסייה, ובנוסף שרידי חדריו הקדומים של מנזר ביזנטי אשר נבנה במאה הרביעית לספירה. הפסיפס שנתגלה מעוטר בדגמי פרחים בצבעים שחור ואדום.
כדי להגיע אל המקום מירושלים יש לסוע מזרחה בכביש מספר אחד. לאחר כפר אדומים יש לפנות צפונה בכביש לאלון (כביש מספר 458). שם לאחר כארבעה קילומטר של ירידה תלולה מגיעים לחניון קטן בצד הדרך הנושא את השלט "חניה עין מבוע". מחנים ויורדים לערוצו של נחל פרת, או אם תרצו ואדי קלט. את עין מבוע תמצאו בתוך חורשת האקליפטוס הסמוכה.
כדאי להזהר בעת הטיול מאחר ועומק המים לאורך המסלול אינו קבוע. כמו כן בעונת הקיץ השהייה במים הקרים יכולה לגרום לעצירת הנשימה בעקבות הפרשי טמפרטורות ביחס לסביבה החמה. בנוסף, לאורכו של נחל פרת ישנם סלעים, חלוקי נחל וצמחייה העשויים להוות מכשול ולהקשות על ההליכה, והם גם עשויים לסכן את המטיילים בהחלקה ובנפילה למים. אמצעי זהירות נוספים כאבטחה ותיאום מומלץ לנקוט במידה והולכים לכיוון מטה אל עבר יריחו.
